Utena Tenjo es una chica que acaba de trasladarse a la escuela Ohtori con el fin de buscar al príncipe que le salvó la vida y fue su primer amor. Sin embargo, el consejo de estudiantes de esta escuela está dominado por el emblema de la rosa y ha establecido que la persona que venza en un duelo puede hacer lo que le plazca con Anthy Himemiya, la novia de la rosa. En un duelo inesperado, Utena lucha contra el actual campeon de los duelos, Kyoichi Saionji, y le vence, con lo que libera a Anthy de él. Por boca de Toga Kiryu, el delegado del consejo de estudiantes, Utena se pone al corriente del misterioso reglamento del código del emblema de la Rosa y de que los participantes en los duelos han sido escogidos uno a uno por medio de las cartas que reciben de el Fin del mundo. Entre otras cosas, se entera de que la novia de las rosas, posee la espada de Dios, con la que se logra una fuerza capaz de causar la revolución del mundo...